نظر به این‌که از سال 1357شمسی، در ایران، و در سال‌های اخیر در افغانستان، حکومت‌هایی با نام حکومت اسلامی یا جمهوری اسلامی با دو قرائت شیعی و سنی تأسیس گردیدند که اولی علی‌رغم ناکامی‌ها و معضلات بی‌شماری هنوز پابرجاست و دومی نیز به دلایلی از جمله: حمله‌ی مستقیم آمریکا و متحدان داخلی او در داخل افغانستان، بیش از چند سالی دوام نیاورد و سرنگون گشت؛ با این حال، آثار و پیامدهای مستقیم و غیر مستقیم پیوند دین و سیاست در این دو کشور، به علاوه‌ی اقدامات نسنجیده و افراطی پاره‌ای از گروه‌های به اصطلاح اسلامی، بسیار بیش از آن چیزی است که تصور می‌شود.
یکی از مهمترین و برجسته‌ترین آثار و پیامدهای موضوع فوق، بروز و ظهور اندیشه‌ی «جدایی دین از سیاست» و بیان این‌که «حکومت‌های مبتنی بر عقاید و باورهای دینی» از اداره‌ی جامعه به طور کلی، و حاکمیت و دولت، به ویژه، نه تنها ناتوانند، بلکه مشکل ساز نیز هستند.

بر این اساس از سوی مجامع، تریبون‌ها و فعالان سیاسی و روشنفکری، با تشکیل هر نوع حکومت دینی با شدت مخالفت می‌شود و کمتر روزنامه و نشریه‌ای است که به محض اخذ مجوز انتشار، یکی از مقالات و موضوعاتش، هجوم و نقدی غیر علمی و نا عادلانه به اسلام سیاسی و چیزی به نام حکومت اسلامی، نباشد و اگر احیاناً با یکی از رهبران و متفکران احزاب و جمعیت‌های اسلامی، مصاحبه و مناظره‌ای صورت گیرد، حتماً یکی از سوالاتی که او را بوسیله‌ی آن تحت فشار قرار می‌دهند، این است که شما یک حزب دینی هستید یا یک حزب سیاسی و یا ملی و... و یا آیا شما می‌خواهید حکومت اسلامی برپا کنید؟ اگر جواب این پرسش مثبت باشد، فوراً خواهند گفت: مگر تجربه‌ی ایران و افغانستان و سایر حاکمیت‌های اسلامی عرب در همین زمان و یا زمان‌های گذشته(صفوی و عثمانی) را فراموش کرده‌اید؟! اگر حکومت شما چیزی شبیه آن‌هاست کارنامه‌ی آن‌ها نمره‌ی قبولی ندارد و مردم از چنین حاکمیت‌ها و نظام‌هایی خسته شده و گریزان‌اند.

اگر هم، پاسخ به سوال «برپائی حکمت اسلامی» منفی باشد، اولاً با سرزنش و شاید حمله‌ی گروه‌های اسلامی تا حد تکفیر و ارتداد مواجه می شوید، ثانیاً از سوی احزاب غیر دینی و طرفداران جدایی دین از سیاست، مورد حمله و هجوم و حتی تمسخر قرار می‌گیرید که «شما اسم را عوض کرده‌اید و فقط دنبال کسب قدرت هستید»!!
در چنین وضعیتی بهترین راه چاره این است که بگوئیم:

اولاً) در جوامع دموکراتیک و آزاد هر کس حق دارد حزب و گروهی را تشکیل دهد و سایرین را نیز به دور آن جمع کند و چنین حقی برای دین‌دار و غیر دین‌دار مساوی است، چنان‌که در بسیاری از کشورهای اروپایی احزاب دموکرات مسیحی تشکیل گردیده و در تشکیل و راه‌اندازی دولت نیز سهیم‌اند در حالی که این جوامع مهد اولیه‌ی سکولاریسم و جدایی دین از سیاست هستند.

ثانیاً) تعیین نوع حکومت، حق مردم است و ما به خود حق نمی‌دهیم برای آنان تصمیم‌گیری کنیم، بلکه بهتر است مردم خودشان تصمیم بگیرند و اگر زمانی به قدرت دست یافتیم، ما فقط آن را پیشنهاد می‌کنیم و مردم در رد و قبول آن مختارند.

ثالثاً) ما بیش از آن‌که دغدغه‌ی نوع و نام حکومت را داشته باشیم، دغدغه‌ی وظایف و کارکردهای آن را داریم و با هیچ کس بر سر نام و نوع حکومت مناقشه‌ای نخواهیم کرد.
به نظر ما مهمترین وظایف یک حکومت عبارتند از:
1- ایجاد فضای آزاد برای مردم تا بتوانند آزادانه، عقیده، شغل، محل سکونت و حاکمیت و دولت خود را برگزینند و یا تغییر دهند و از این بابت احساس امنیت و آرامش کنند.
2- ایجاد زمینه‌ها و فرصت‌های مناسب برای استقرار عدالت و رفع تبعیض، به گونه‌ای که هر کس احساس عزّت، کفایت و مفید بودن را در جامعه‌ی خود داشته باشد و خود را شهروند فراموش شده و یا درجه‌بندی شده نداند!!
3- ایجاد پیوند و رابطه بین تمامی شهروندان و هم‌وطنان به‌گونه‌ای که احساس همبستگی و یکپارچگی ملی و دینی داشته باشند و هیچ کس و یا هیچ گروه و دسته و یا نژاد و رنگی، خود را تحقیر شده و بی خاصیت نپندارد و این ممکن نخواهد بود مگر با رعایت تفاوت‌های دینی، زبانی و جغرافیایی.
4- دفاع از استقلال میهن، مرزهای کشور و حفظ میراث ملی و دینی آن، با رعایت ایجاد ارتباط عزت‌مند با دیگران و حسن هم‌جواری و تبادل آراء و اندیشه‌ها و استفاده از تجارب و دستاوردهای آنان.
5- ایجاد فضایی آرام و معنوی و زمینه‌های لازم و کافی برای پرستش و فرمانبرداری پروردگار، از سوی تمامی کسانی که به او ایمان آورده‌اند.

حال اگر در ممالک اسلامی نیز، رژیم‌هایی با آرای مستقیم و واقعی مردم خود، بر سر کار بیایند و به وظایف فوق عمل کنند و نام «حکومت اسلامی» را هم بر خود ننهاده باشند، نه تنها با آنان مشکلی نداریم، بلکه مدافع و یاور آنان نیز در راه استقرار صلح و عدالت و معنویت خواهیم بود. و اگر چنین نبودند، این یک سنّت الهی است که باطل و ناحق، پابرجا نخواهد ماند و در ممالک غیراسلامی نیز، مردم، ظلم و جور و فساد را تا آخر برنمی‌تابند و با حمایت تمامی انسان‌های آزادی‌خواه در سرتاسر جهان و همه‌ی سازمان‌های مدافع حقوق بشر شرّ آن‌ها را از سر خود دور می‌کنند و چنین وظیفه‌ای قبل از هر کس بر عهده‌ی مسلمانان است؛ زیرا در نزد پروردگار، برترین و بهترین تلاش‌ها در راه خدا، گفتن کلمه‌ی حق پیش سلطان ظالم است.